Couches vous permettent de manipuler certaines parties d'une image sans modifier l'ensemble du dossier. Vous pouvez utiliser le panneau Calques dans GIMP montrer que certaines couches et en masquer d'autres. Vous pouvez également supprimer des couches et ajouter de nouvelles couches à partir du panneau des calques. Cette boîte de dialogue est activée dans le menu "Windows". Vous pouvez également utiliser un raccourci clavier pour activer rapidement le panneau Calques.