Les lecteurs flash viennent généralement pré-formatées avec un système de fichiers de fournisseur neutre comme FAT32. Ordinateurs Apple Macintosh utilisent Hierarchical File System Plus (HFS +) que leur système de fichiers natif. Microsoft Windows utilise le système de fichiers nouvelle technologie que son système de fichiers natif. Windows ne peut pas lire à partir d'un lecteur flash formatée HFS + sans logiciel tiers installé. Vous pouvez reformater une formaté HFS + lecteur flash dans FAT32 ou NTFS pour le rendre utilisable sur un PC avec Microsoft Windows. Ce processus efface toutes les données existantes sur le lecteur flash.