Pompe à travers une série de solvants dans un ordre décroissant de polarité. Une série de base recommandé est de commencer avec du methanol, puis de l'acétonitrile progresser à travers, un mélange acétonitrile / isopropanol (75:25), de l'isopropanol, le chlorure de méthylène et d'hexane. Si la phase mobile assis à l'origine dans la colonne était un tampon, un lavage avec de l'eau devrait précéder le méthanol. Un taux de 1 à 2 millilitres par minute d'écoulement est généralement convenable, et environ 10 volumes de colonne de chaque solvant doit être pompé à travers. Le volume de la colonne est de l'espace intérieur non occupé par l'emballage et est calculée comme étant (0,7 x pi x (ID / 2) ^ 2 x L), où ID est le diamètre interne de la colonne et L est sa longueur.